2006年底，完成新館內(nèi)容建設(shè)方案大綱，確定了常設(shè)展覽“創(chuàng)新·和諧”的主題，規(guī)劃了“科學(xué)樂園”、“華夏之光”、“探索與發(fā)現(xiàn)”、“科技與生活”、“挑戰(zhàn)與未來”五個(gè)主題展廳以及公共空間科普展示。2007年5月至6月期間，內(nèi)容建設(shè)方案向社會(huì)公布，開通熱線電話、網(wǎng)上專欄和論壇等形式向社會(huì)各界廣泛征求意見和建議，并舉辦了常設(shè)展覽展區(qū)創(chuàng)意競賽，共有22家國內(nèi)外公司參與，征集創(chuàng)意方案共計(jì)64個(gè)。9月完成了新館常設(shè)展覽方案的設(shè)計(jì)工作，并由國內(nèi)專家委員會(huì)審議通過。經(jīng)過一年多的緊張制作，2009年4月，各展區(qū)布展公司進(jìn)入新館，開始布展施工。6月，展品陸續(xù)進(jìn)場進(jìn)行安裝調(diào)試。